2012年3月，全京东体系第一个二级分拣开设，这是从来没有过的，在公司内部有阻力。因为京东不是快递公司，快递公司建立分拣理所当然。支持建立分拣的人认为，如果不建立分拣的话，未来怎么将这么多据点连成网络呢?反对建立分拣的，则认为多了一个环节，不是效率降低了吗?

　　但是不建立，网络就搭建不起来。如果没有分拣，从北京到天津，每天要发几十辆车过去，再发几十辆车回来，而这些货实际上可以用一辆大车拉过去，再通过分拣中心来分散给下面的各个配送站。这样效率更高，成本降低。

　　如果京东物流网络要变成有机整体，必须做自有干线。分拣中心是心脏，自有干线是血脉，配送站是细胞，只有动脉静脉毛细血管齐全，细胞才能吸收养分。外单业务拓展最大的难题在于干线，商家是一地发全国，配送部重新做组织架构调整，建立网络规划部，做外单网络和自营订单网络的融合。只做自有业务的时候，容易发生返程空驶的问题，但有外单就可以弥补，原来京东物流干线运输只能用零担，外包给第三方，现在可以自己搭建干线运输，对时效的控制更强。2013年5月，京东开始做干线运输网络搭建，当时只有20条干线，而现在京东拥有3000辆自有车辆。

　　截至2014年12月31日，京东全国有3210个网点(含配送站、自提点、自提柜)。铁路局开设从北京到上海、上海到广州的电商专列，除了顺丰、“四通一达”以外，京东是唯一进入电商专列的电商公司。京东配送部的劳动合同切换成北京京邦达有限公司。

　　京东希望做品牌商的全供应链解决方案。京东仓储使用WMS(仓储管理系统)和WCS(仓储设备管理系统)，WMS是完全自有知识产权，通过系统设计动线，拣货人员拿着RF枪，依照指令，沿着动线取货，一次完成20多个订单的拣货。李永和认为，从全局业务规划到信息系统对接，仓库如何做平面布局规划，货架如何陈列，动线如何设计，京东仓储都能解决，他说：“在全渠道库存管理和全渠道订单履约上，京东有足够的竞争能力。”为了外单开发，仓储API接口做了32个。

　　“供应链的最高追求是，直接从工厂入京东的仓库，再直接送到消费者手里，这样供应链是最经济的。京东要靠行业里的影响力，多一些分享精神，将供应链上的浪费除去。”