同时，目前农村电子商务物流仍存在一些问题，客观上阻碍了农货上行电子商务发展。

首先，农业生产分散性、规模小和季节性等特点，使得农村电商物流成本远高于城市物流成本，农村电商物流在农村区域需要的配送时间比较长，对物流需求的波动性也比较大。同时，农村交通基础设施相对薄弱，农村物流具有个体规模小、分散性强、专业化和组织化程度低等特点。

其次，由于农产品自身具有易腐性，我国农村冷链物流管理能力不高、冷链物流基础设施薄弱，同时冷链物流基础设施没有充分盘活优化利用，农产品物流相对于美欧日等国家具有明显的高消耗性，水果、蔬菜在采摘、运输、仓储等环节上的损失率在25%-30%，进一步增加了物流成本。

第三，农村电商物流涉及农产品、农资和农户日常生活用品等产品，由于我国农业生产方式、农产品品类等的多样性，业务操作复杂程度高，业务主体之间关系错综复杂等特点，农村电商物流标准化和规范化程度低，无法形成从生产到零售的供应链协调管理。

最后，农村电商物流发展存在着无序性和创新不足，管理制度简单复制城市电商物流，对农村生产生活习性考虑不足。如电商物流企业在村镇网点实施“以罚代管”，这种机制在农村电商物流快递单子较少和不易提供证据条件下，容易使快递职工得不到应有报酬，激励不足，惩罚有余，乡镇快递从业人员积极性不高。