根据自动化实现程度的不同，卷烟分拣系统可分为手工分拣系统、半自动分拣系统和全自动分拣系统。
 
　　手工分拣系统

　　手工分拣系统以电子标签辅助拣选设备为代表，是在国内应用较早并且也较为广泛的卷烟分拣系统，分拣效率为6000~8000条/小时，单条分拣设备的投资通常在50~70万元之间。电子标签拣选系统具有投资少、占地面积相对较小等特点，比较适合于中小配送中心的分拣需求。其缺点是所需作业人员多，劳动强度较大，分拣效率低下，差错率较高且不易控制。

　　半自动分拣系统

　　半自动分拣系统采用自动化分拣和人工补烟相结合的方式，其中分拣设备多采用柜式机或通道式分拣机，分拣效率为8000~11000条/小时，单条分拣设备的投资在120~200万元，价格适中。半自动分拣系统有效地提高了分拣效率，降低了分拣差错率，并且能够做到系统自动检错。目前很多半自动分拣系统采用的柜式机过多，或者由于通道式分拣机只能一次性拣出5条卷烟，使用时必须搭配一个柜式机通道分拣同品牌卷烟，造成了人工补烟强度巨大和无法单品种下烟的不足。

　　全自动分拣系统

　　全自动分拣系统能实现分拣过程从补烟、分拣到包装的全自动化，分拣效率最高，可达15000条/小时以上，但也存在系统占地面积庞大、设备过于复杂、投资与维护成本高昂等缺点，并且由于设备研发周期相对较短，设备的稳定性有待进一步提高。