《民营经济促进法》中推动民营经济组织实现规范治理、强化内部监督以及规范会计核算、防止财务造假等规定的重要性，为企业的健康发展奠定了坚实基础。这不仅对涉案企业具有重大意义，也为其他民营企业敲响了警钟，促使它们重视企业治理和内部监督，依法依规经营，推动民营经济整体健康发展。

案例一：某民营制造企业内部监督与股东权益纠纷案

某民营制造企业在行业内颇具规模，随着企业的不断发展壮大，内部治理结构的重要性日益凸显。企业设有董事会、监事会等治理机构，旨在规范经营者行为，强化内部监督。然而，在实际运营过程中，部分股东发现公司管理层存在一些不规范的操作行为，严重损害了股东权益和公司利益。

经调查发现，公司总经理利用职务之便，在未经董事会和监事会同意的情况下，擅自与一家关联企业签订了一份原材料采购合同。该合同的采购价格明显高于市场同期价格，给公司造成了巨大的经济损失。此外，公司财务账目也存在诸多疑点，部分费用支出缺乏合理的审批流程和明细记录，疑似存在财务造假行为。

股东们认为，公司治理结构虽然存在，但未能有效发挥作用，内部监督机制形同虚设。于是，股东们将公司管理层告上法庭，要求追究相关人员的责任，并对公司的治理结构进行整改，完善内部监督机制。

法院在审理此案时，详细审查了公司的治理制度、相关合同文件以及财务账目等证据。最终，法院认定公司总经理的行为违反了公司的内部规定和相关法律法规，严重损害了公司和股东的利益。法院判决总经理承担相应的赔偿责任，并责令公司立即对治理结构进行全面整改，强化监事会的监督职能，规范财务核算流程，建立健全防止财务造假的长效机制。同时，法院还建议公司加强党组织建设，充分发挥党组织在企业治理中的政治引领作用，引导企业经营者依法诚信经营。

案例二：某民营建筑企业腐败案件与企业治理整改

某民营建筑企业在参与多个工程项目建设过程中，逐渐暴露出一系列腐败问题。企业内部部分管理人员利用项目招投标、工程分包、物资采购等环节的权力，收受供应商和分包商的贿赂，为其谋取不正当利益。这些行为不仅严重影响了企业的工程质量和声誉，还导致企业成本大幅增加，资金链紧张，面临巨大的经营风险。

经群众举报，相关部门介入调查，发现该企业在项目管理过程中存在诸多漏洞。例如，招投标程序不规范，缺乏有效的监督机制，导致暗箱操作现象频发；工程分包和物资采购环节缺乏严格的审批流程和公开透明的竞争机制，为腐败行为提供了滋生的土壤。此外，企业在财务管理方面也存在问题，部分资金流向不明，会计核算混乱，无法真实反映企业的经营状况。

检察机关依法对涉案的企业管理人员提起公诉，法院经审理后，对相关责任人依法作出了刑事判决。同时，法院针对企业在治理结构和管理制度方面存在的问题，向企业发出了司法建议。建议企业构建源头防范和治理腐败的体制机制，加强廉洁风险防控，完善项目管理流程，规范工程招投标、分包和物资采购等环节的操作程序，确保公平、公正、公开。在财务管理方面，要求企业规范会计核算，建立健全财务审计制度，加强对资金流向的监管，防止财务造假行为再次发生。

企业在收到司法建议后，高度重视，立即成立专项整改小组，对企业的治理结构和管理制度进行了全面梳理和整改。加强基层组织建设，充分发挥党组织在企业治理中的政治引领作用，通过开展廉政教育活动，增强了员工的廉洁意识。完善了内部监督机制，设立了独立的审计部门，加强对项目运作和财务状况的日常监督。经过一系列整改措施，企业逐渐恢复了正常经营秩序，经营业绩也逐步好转。

这个案例充分展示了《民营经济促进法》在依法规范和引导民营资本健康发展、构建民营经济组织源头防范和治理腐败体制机制方面的重要作用。法院通过刑事判决和司法建议，促使企业深刻认识到自身治理问题的严重性，推动企业进行全面整改，完善治理结构和管理制度，为民营经济健康发展和民营经济人士健康成长营造了良好的法治环境，也为其他民营企业在防范腐败风险、加强企业治理方面提供了宝贵的借鉴经验。